一、 要把臺灣史放在什么位置上來考察？
臺灣史是歷史學學科體系中的一個分支學科——中國史之下的分支，其學術體系應當與中國史基本相同，但作為一個分支又有其特殊性。如何把它放在適當的位置需要討論。
在臺灣有人提出“臺灣史的研究不能只局限于中國史的范疇之觀點立論，只有站在世界史的觀點才能看到臺灣在歷史與未來所扮演的角色”。這就是所謂“世界史視野”。還有人提出所謂“同心圓史觀”，說是要“從臺灣史出發，擴及中國史、亞洲史以至世界史”，其目的是“不再把目光集中在中國”，要擺脫臺灣史與中國史的關系，有意“切斷與中國的關系”。這正是“臺獨”分子所鼓吹的。
在大陸有人認為臺灣史與中國史完全一致，“臺灣史是中國歷史的一部分”，不講或少講臺灣歷史與中國大陸歷史的差異。實際上，從1895年日本殖民統治時期開始，臺灣的歷史與全中國的歷史就有很大差異。這個時期的中國史經歷過中華民國的建立、軍閥混戰、北伐戰爭、土地革命、抗日戰爭、解放戰爭、社會主義革命和建設等等，而臺灣走的是另一條道路。忽視臺灣史的特殊性也是片面的看法。
既要重視臺灣與大陸的共性和密切關系，關注歷史性、長時段的研究，又要重視臺灣地區的特性，臺灣與大陸的差異性。
總之，要把臺灣史放在與它有密切關系的中國史的框架里，并聯系到當時的世界歷史考察，這是完全必要的。不是孤立地研究臺灣史，而是把臺灣史放在與它密切相關的大背景下來考察，這樣才能得到全面的認識。正如研究中國歷史要有“世界中的中國”的觀念那樣，研究臺灣史也要有“中國中的臺灣”與“世界中的臺灣”的觀念。這樣才能擺正臺灣史的位置。
二、 構建臺灣史學術體系，誰是參與者？
臺灣史學術體系是否只由大陸史學界來構建，這個問題需要討論。
研究和書寫臺灣歷史之成果的主要受眾，不但有大陸人民而且還有臺灣同胞。為此，必須了解在多年來臺灣當局灌輸“臺獨”史觀下臺灣同胞對臺灣歷史的認知、情感、態度和由此形成的歷史記憶。身居臺灣的臺灣史學界人士，特別是研究臺灣史的專業學者，對此有深刻的了解。他們研究臺灣史經歷了相當長的過程，有自己的經驗和體會，也形成了一些理論和方法。臺灣學者在搜集地方史料方面有優勢，在搜集整理口述歷史和臺灣史料數據化方面已經做出很大的成績，這對于構建臺灣史學術體系有重要價值。所以，臺灣史研究的主要力量來自大陸和臺灣的史學界。構建臺灣史學術體系，兩岸史學界特別是兩岸研究臺灣史的專業學者，都應當是參與者。
兩岸都受到中國傳統文化的熏陶，各自也接受了外來文化的影響，從某種意義上說，臺灣文化也豐富了中華文化的內涵。由于社會制度不同，在史學觀點上必然存在差異。在臺灣研究臺灣史的專業學者中史觀也不盡相同，其中有些是持“獨派”的觀點。在構建臺灣史學術體系中如何處理彼此的關系是一個難題。
兩岸學界有必要建立臺灣史研究的交流平臺，先進行廣泛的交流，暢所欲言，提出各種各樣的問題，然后加以整理，有步驟地開展平等的對話和交流，只有互相協作才能建立互相認同的學術體系。
三、 兩岸學界對臺灣史學術體系怎樣才能獲得共識？
兩岸學者在臺灣史研究方面存在不同的史觀，對臺灣具體歷史也有不同看法，要形成共識需要一個相當長的過程，從差異、沖突到交流、融合，才能走向互信認同。
在這個方面，學術界在合作編寫有關歷史的過程中已經有了一些經驗。
第一是“論從史出”。例如，參與中日韓三國共同編寫《東亞三國的近現代史》的中方學者步平指出：“（三國）學者們非常注意吸納各方面的史實，盡量做到全面、均衡，既講日軍在侵略戰爭中的種種暴行，也講原子彈爆炸、東京空襲、沖繩作戰等日本人民所遭受的傷害。”“歷史觀的基礎是歷史認識，歷史認識的基礎是歷史事實，只有向年輕人介紹全面的歷史事實，才有助于共同歷史觀的建立。”參與編寫《中華民國專題史》的臺灣方面的學者張玉法指出：“在民國史的研究上，這套書基本上是保持中立的，不去論斷是非，而僅僅是把歷史的真相寫出來。”“這些年來對國共關系以外的題目，基本上都是憑史料說話，大多沒有什么分歧。”在存在分歧的情況下，拿出可靠的歷史事實，辯明歷史真相，才是最有說服力的。
第二是尊重包容、求同存異。互相尊重才能互相理解，尊重首先表現在傾聽對方的意見，特別是與我方不同的意見。尊重差異是要發現分歧的所在，或是否存在誤解，思考是否可能達成某些共識，而不是要求對方放棄自己的觀點。步平主持中日共同歷史研究的體會是：“在學術研究領域，即使是對于與自己意見不同的認識，也應當傾聽和尊重。”“通過共同研究達到學者間的相互理解,進而促進民間的相互理解；通過歷史研究促使（中日）兩國人民適當調整自己的心理狀態和相互評判的價值標準，對消除隔閡會產生積極的作用，這就是共同研究的主要目的。”尊重還表現在開誠布公的態度上，把不同的觀點擺出來，把歷史事實擺出來，才能取得共識。
建構共同史觀并不是要建構一種完整的史觀來取代現有的各種史觀，而是要吸取各種史觀中若干雙方可以接受的基本要素，形成具有兩岸特色的共同史觀。這種史觀需要一個形成過程，它不是一步到位建立起來的，而是逐漸積累，隨著兩岸共識的增長不斷地添加雙方可以接受的要素，不斷地充實其內涵，逐步形成共有觀念，增進互相認同。
