實驗血液學家、中國科學院生物學部委員（院士）、軍事醫學科學院放射與輻射醫學研究所所長、軍隊實驗血液學重點實驗室主任、軍事醫學科學院院長、國家重點基礎研究發展規劃專家顧問組成員、博士生導師。

1957年，吳祖澤畢業于山東大學。1960年10月入伍。1962年6月，加入中國共產黨。1993年6月，任軍事醫學科學院副院長；12月，當選為中國科學院生物學部委員（院士）。1994年2月，吳祖澤任軍事醫學科學院院長，被授予少將軍銜。1996年10月，任中國軍事醫學代表團團長出席第31屆國際軍事醫學大會并作主旨報告。1997年，當選為中國共產黨第十五次全國代表大會代表。2019年，吳祖澤被聘為中國醫學科學院學部委員。 

吳祖澤主要從事肝細胞、核酸等方面研究。培養了博士生55名、碩士生21名，榮立二等功、三等功各一次。1990年，被國家人事部批準為"有突出貢獻中青年專家" 。1999年，吳祖澤被中央軍委授予“軍隊專業技術重大貢獻獎” 。2000年，被中國人民解放軍總后勤部授予“一代名師”稱號。2015年，國際小行星命名委員會批準將國際編號（207809）號小行星，正式命名為“吳祖澤星”。